故事接继续在《红色警戒2》盟军结局之后，苏联战败，领导人罗曼诺夫被俘，然而他的顾问尤里却神秘失踪。原来，在美苏大战的关键时刻，尤里暗中在全球部署了他的心灵控制技术，试图掌控整个世界。在一次白宫简报会上，尤里突然插入了映像，向美国总统杜根透露了自己的计划。他表示已经在全球建立了由心灵控制器组成的网络，并计划用心灵控制整个行星。其中一个心灵控制器就部署在旧金山的恶魔岛上，即将启动。
杜根总统立刻下令对心灵控制器展开空袭，但由于所有的AV-8B攻击机都被击落，其中一架撞入了恶魔岛的核反应堆，导致设备缺电而无法启动。尽管如此，尤里还是启动了其他地方的心灵控制器，使得地球上大部分人迅速被尤里彻底控制。
苏军的剧情同样紧张激烈。任务一中，尤里新兵会不断上岸抢夺发电厂，因此需要派出工程师修复地图上的仓库，并派遣动员兵守住阵地。回到恐龙时代后，派运输船前往地图左上角的小岛，寻找霸王龙加入苏军。当回到新的时间线时，霸王龙将成为强大的盟友。
任务二中，首先要引爆三个德军基地的油桶，确保里面的坦克杀手全部毁灭。接着放弃行动迟缓的V3，带领大军前往地图上方，绕过美军基地，直扑爱因斯坦实验室，以便快速完成任务。
任务三中，一开始就将被鲍里斯塞进的防空运兵车送往地图左侧，通过桥梁（若动作慢则可能被炸毁），然后沿着地图左侧前进，靠近目标地点后调用米格战机炸毁心灵信标，从而轻松将美军纳入苏军阵营。
美军投诚后，心灵风暴的倒计时开始，美苏联军将攻击重点放在尤里的电厂上。一旦他们电力不足，倒计时将会停止，接下来的进攻将会变得轻松。
任务四中，由于苏军没有类似的光棱坦克，因此在面对大量尤里复制人部队时会感到头疼。本关尽量避免生产天启这种大型武器，而是以动员兵和矿车为主要进攻力量。矿车具有厚实的装甲并对心灵控制免疫，小机枪的伤害虽不高，但对于步兵已足够了。同时，尤里新兵喜欢占领建筑作为碉堡，因此需制造一些V3导弹车来推倒尤里基地附近的建筑物。不必追求全灭敌人，只需将领导人罗曼诺夫安全送至机场即可。
最后一项任务中，要想快速击败尤里，最好建造船坞，生产潜艇，直接潜至尤里基地的中心，摧毁其重要设施。按照这个策略，可以快速结束战斗。
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