天猫旗舰店、专卖店和专营店之间的不同可以从下面四个方面来区分：
一、定义上的区别：
天猫旗舰店是商家以自有品牌（商标为R或TM状态）入驻天猫开设的店铺，称为该品牌的“官方旗舰店”。
天猫专卖店是商家持品牌授权文件在天猫开设的店铺，称为“品牌专卖店”。
天猫专营店是经营天猫同一招商大类两个及以上品牌商品的店铺，称为“专营店”。
二、经营主体上的区别
天猫旗舰店是自有品牌企业，就是说天猫旗舰店所经营的品牌必须为申请天猫店铺的企业所有或企业法定代表人所有。
天猫专卖店的经营所有者必须是取得该品牌所有者或者公司正式授权的企业法人。
天猫专营店的经营者必须是在中国大陆注册的企业法人，相对来说天猫专营店的要求比天猫旗舰店更低。
三、经营范围上的区别
天猫旗舰店可以经营同一品牌、同一个一级类目下的所有产品，或者是经营多个自有品牌商品且各品牌归于同一实际控制人。
天猫专卖店可以经营一个授权品牌下的同一个一级类目的所有产品，也可以经营多个授权销售品牌的商品且各品牌归于同一实际控制人。
天猫专营店则可以经营两个以上他人品牌商品，也可以即经营他人品牌商品又经营自有品牌商品，还可以经营两个及以上自有品牌商品。
四、品牌资质上的区别
天猫旗舰店的经营需要国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书，通俗上来说就是要注册商标。
天猫专卖店的经营需要品牌所有者出具的国家商标总局颁发的商标注册证，申请开店企业提供的品牌所有者出具的正规授权书，授权书需无地域限制，且授权有效期不得早于2015年12月31日。如果品牌所有者是个人，则需同时提供身份证复印件并在授权书上签字。
天猫专营店可以经营自有品牌和他人品牌，经营自有品牌需要提供国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书，经营他人品牌需要提供具有完整的授权书(即商家提供的授权书要可以逐级逆推回品牌商那里);品牌持有人的商标注册证;若商家不能提供逐级授权到自己的品牌授权书，也可提供由供货商出具的正规渠道证明;品牌持有人的商标注册证等。
用一句话来说明三者的区别：天猫旗舰店是品牌所有者或公司开的天猫店，天猫专卖店是只能经营一个品牌的一级授权商、代理商或者分销商，而天猫专营店可以经营多个自有品牌或者他人授权品牌。
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